Ostariophysi:
Compreende a grande maioria dos peixes, representando cerca de 86% de toda a ictiofauna da região, neste grupo estão incluídos os Characiformes, Gymnotiformes e Siluriformes;
- Gymnotiformes - Os exemplares deste grupo têm, em geral, hábitos noturnos, possuem órgãos elétricos, que lhes permitem formar um campo elétrico ao redor do corpo auxiliando na orientação, assim como órgãos eletrorreceptores, que permite a percepção de qualquer objeto ou animal que atravesse este campo ao provocar distorção. São comumente denominado de sarapó, tuvira, ituí, peixe-espada, porquê, etc. Excluindo a família do poraquê (Electrophorus) Electrophoridae, representantes de todas as demais família dessa ordem ocorrem no Pantanal. As famílias e as respectivas espécies são: Apteronotidae (Apteronotus albifrons e Sternarchorhynchus curvirostris), Gymnotidae (Gymnotus cf. carapo), Hypopomidae (Hypopomus com 3 espécies ainda não definidas), Sternopygidae (Eigenmannia trilineata, E. virescens, Eigenmannia sp. e Sternopygus macrurus) e Rhamphichthyidae (Gymnorhamphichthys hypostomus e Rhamphichthys hahni).
- Siluriformes - Formam a grande massa de peixes do Pantanal, juntamente como os Characiformes. Compreendem formas no geral de hábitos bentônicos e noturnos, porém são muito ativas durante o dia quando em águas turvas (escuras). Neste grupo (conhecidos também como catfish) estão reunidos os peixes desprovidos de escamas (peixes-de-couro; bagres) ou revestidos por placas ósseas (cascudos, corydoras, caborja). São registrados nas águas do Complexo Pantanal 10 família com cerca de 59 genêros e 96 espécies. As famílias com as respectivas espécies são:
1. Trichomycteridae: Trichomycterus amazonicus, T. brasiliensis, T. eichorniarium, T. herberti, T. johnsoni; Paravandellia bertoni; Ochmacanthus batrachostomus; Pseudostegophilus maculatus
2. Ageneiosidae: Ageneiosus brevifilis, A. valenciennesi, A. ucayalensis
3. Pimelodidae: Hypophthalmus edentatus; Phenacorhamdia hoehnei; Pseudopimelodus zungaro; Microglanis cottoides; Rhamdia quelen; Pimelodella taenioptera, P. gracilis, P. megalura, P. mucosa, P. notomelas; Pimelodus ornatus, P. cf. fur, P. maculatus, P. argenteus; Iheringichthys labrosus; Pinirampus pirinampu; Luciopimelodus pati; Megalonema platanus; Hemisorubim platyrhynchos; Paulicea luetkeni; Sorubim cf. lima; Pseudoplatystoma corruscans, P. fasciatum
4. Aspredinidae: Amaralia hypsiura; Pseudobunocephalus rugosus (sinôn.jr. Bunocephalus australis), B. doriae
5. Auchenipteridae: Entomocorus benjamini; Tatia neivai; Epapterus chaquensis; Auchenipterus nigripinnis, A. nuchalis; Trachelyopterus coriaceus; Parauchenipterus striatulus, P. galeatus
7. Doradidae: Anadoras weddellii; Platydoras armatulus; Pterodoras granulosus; Rhinodoras dorbignyi; Oxydoras kneri; Trachydoras paraguayensis; Doras eigenmanni
9. Callichthyidae: Callichthys callichthys; Hoplosternum littorale; Megalechis thoracata; Corydoras hastatus, C. aeneus, C. paleatus, C. macropterus, C. aurofrenatus, C. polystictus; Brochis splendens, B. britskii
10. Loricariidae:
Loricariinae: Farlowella amazona, F. paraguayensis, F. jauruensis, F. isbruckeri; Sturisoma barbatum, S. robustum; Hemiodontichthys acipenserinus; Spatuloricaria evansii; Rineloricaria cacerensis, R. hoehnei, R. nigricauda, R. parva; Loricariichthys platymetopon, L. labialis; Pseudohemiodon platycephalus; Pyxiloricaria memezesi; Brochiloricaria macrodon; Loricaria sp.
Ancistrinae: Megalancistrus parananus (sinôn.jr. M. aculeatus); Ancistrus cirrhosus, A. hoplogenys
Hypostomidae: Rhinelepis strigosa; Liposarcus anisitsi; Hypostomus boulengeri, H. commersoni, H. piratatu, H. latifrons; Cochliodon cochliodon
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