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Todos os peixes que ocorrem no Complexo do Pantanal podem ser incluídos em apenas 5 grupos principais:
Ostariophysi: (parte 2 e 3)
Cyprinodontiformes: Constituído de peixes de tamanho diminuto, conhecidos como guarus, barrigudinhos e killifish. Embora muito diversificados em algumas regiões, no Pantanal existem poucas espécies. No Pantanal é representado por 2 famílias: Poeciliidae e Rivulidae, ambos são constituídos por peixes que preferem ambientes lênticos, particularmente poças e charcos. A alimentação destes pequeninos é preferencialmente de larvas de insetos, em especial Dipteros. Apresentam um acentuado dimorfismo sexual, os machos são sempre menores tendo a nadadeira anal transformada em órgão copulador, o gonopódio. A família Poeciliidae é representada na região por apenas uma espécie: Pamphorichthys hasemani. Porém, os gêneros de Rivulidae apresentam uma série de dificuldades para se diferenciar uns dos outros, uma vez que a maioria das descrições são baseadas em caracteres osteológicos e não externos, o que dificulta a identifcação rápida. Em todo Complexo do Pantanal são 09 espécies pertencentes a 5 gêneros: Neofundulus paraguayensis, N. parvipinnis; Pterolebias longipinnis, P. phasianus, P. glaucopterus; Rivulus punctatus; Stenolebias bellus, S. damascenoi; Trigonectes balzanii.
Perciformes: No Pantanal vamos dar destaque à família Cichlidae (peixes com os primeiros raios das nadadeiras dorsal e anal transformados em espinhos). Os Cichlidae possuem hábitos diurnos e têm preferência por ambientes lênticos. Cuidam da prole, protegem os ovos e alevinos, e constróem ninhos. É um grupo relativamente pequeno que ocorre no Complexo Pantanal, são cerca de 16 espécies pertencentes a 11 gêneros. São elas: Aequidens plagiozonatus (cará ou acará); Apistogramma borelli (cará), A. commbrae, A. inconspicua, A. trifasciata, Astronotus ocellatus (apaiari/oscar); Bujurquina vittata (cará); Chaetobranchopis australis (cará); Cichlasoma dimerus; Crenicichla semifasciata (joaninha ou joana-guensa), C. editae, C. vittata; Gymnogeophagus balzanii (cará); Satanoperca pappaterra (cará); Laetacara dorsigera (cará) e Mesonauta festivus (cará).
Tucunarés, ciclídeos pertencente ao gênero Cichla foram introduzidos no Pantanal (espécie exótica) e, aparentemente, já proliferam em várias regiões. Não sabemos ainda qual ou quais espécies de Cichla já foram introduzidas.
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